システム更新で考えられる移行シナリオ

RRAS > ISA Server 2004 ... インストール メニューから「移行ウィザード」を実行
ISA Server 2000 > ISA Server 2004 ... 上に同じ
ISA Server 2004 EE 管理サーバーのリプレイス ... インストール ウィザードから「エンタープライズ構成のレプリカの作成」を実行
ISA Server 2004 EE サービスのリプレイス ... 冗長化 > 除去?

こんな感じかな?