Windows Server 2003 コマンド ライン リファレンス (Microsoft)

Users Group の Win2003:00238 に回答できるかな? と思っていろいろ調べてみたらこんなサイトを見つけました。便利そうなんでポインタ。
プログラム的には、ACPI の機能を司る関数に、{ 電源まで落とせ | 電源は落とすな } という引数を持たせることで、お探しの機能を実現可能なはずなんです。でも、shutdown.exe にそんな関数は無いみたいですね・・・。
ひびきつくねの「Windows 豆知識」のページで「shutdown.exe」を検索かけたら、こんな記述を見つけました。

シャットダウンツール shutdown.exe では、電源まで落ちない。その代わりに、みくろそふたーからダウンロードで入手できる restart.vbs という VBScript を使うと良い。

別の手法を取る必要があるみたいですね・・・。